Zur Prävention und zum Setzen von Gegenmaßnahen ist es wichtig, Infektionsketten zu erkennen und aufzuklären – sei es, um kontaminierte Nahrungsmittel aus dem Verkehr zu ziehen oder besonders gefährdete Gruppen zu schützen. Doch woher weiß man, wie sich ein Erreger verbreitet bzw. wo man sich infiziert hat? Dafür vergleicht man heutzutage das Erbgut der Erreger, welches aus DNA besteht und sich aus nur vier Basen („Buchstaben“) zusammensetzt. Zur Entschlüsselung dieses Codes wird auf ein sogenanntes Sequenziergerät zurückgegriffen, ein USB-Stick-großes Instrument, das tausende kleine Nanoporen enthält. Die DNA der Erreger wird isoliert und anschließend mittels biologischer Motoren durch diese Poren geschoben und dabei abgetastet.

Da die „Buchstaben“ des genetischen Codes unterschiedlich viel Platz in der Pore brauchen, lässt sich so der Buchstabencode/das Erbgut auslesen. Anschließend vergleicht man das Erbgut von verschiedenen Isolaten. Je ähnlicher der genetische Code ist, desto näher sind die Isolate miteinander verwandt. Mit dieser Information kann man  Stammbäume erstellen und z.B. die Quelle einer Infektion oder Übertragungswege ermitteln.